关于工厂过年休假三个月是否合法的问题，需结合具体情况判断。
工厂过年休假三个月是否合法不能一概而论，需根据休假性质及是否保障员工权益分析：
1. 若工厂安排的是带薪年休假+法定节假日+员工自愿事假：需确保带薪年休假天数符合《职工带薪年休假条例》（累计工作1-10年休5天，10-20年休10天，20年以上休15天），法定节假日（春节3天）正常带薪，事假需员工书面同意且不扣发基本工资外的合理部分，这种情况可能合法。
2. 若工厂强制无薪休假三个月：未与员工协商一致且未支付基本生活费，违反《工资支付暂行规定》（非因劳动者原因停工停产，一个工资支付周期内按劳动合同支付工资，超过一个周期的按当地标准支付生活费），属于违法。
3. 若工厂以“停产放假”为由但实际正常生产：属于变相逼迫员工离职，违反《劳动合同法》关于劳动条件的规定，员工可主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。
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工厂过年休假三个月可能存在以下法律风险：
1. 工厂面临的行政处罚风险：若工厂强制无薪休假三个月且未支付生活费，员工向劳动监察部门投诉后，工厂可能被责令限期支付工资差额，逾期不支付的还需加付赔偿金（按应付金额50%-100%）。例如：某工厂过年强制员工无薪休假三个月，20名员工集体投诉，劳动监察部门责令工厂支付每人每月1500元生活费（当地最低工资的80%），并加付50%赔偿金，工厂共支付13.5万元。
2. 员工被迫解除劳动合同的经济补偿风险：若工厂违法休假导致员工被迫离职，需支付经济补偿（按工作年限每满一年支付一个月工资）。例如：员工在工厂工作5年，因工厂强制无薪休假三个月被迫离职，工厂需支付5个月工资的经济补偿，若工资为6000元/月，则需支付3万元。
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针对工厂过年休假三个月的合法性，需依据相关劳动法律法规分析。
根据《职工带薪年休假条例》第三条（2008年施行）：“职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。” 若工厂将三个月休假全部计为年休假，远超法定天数上限，违反该条例；若包含法定节假日，需确保春节3天法定假带薪。同时，《工资支付暂行规定》第十二条明确：“非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理（通常为当地最低工资的70%-80%）。” 若工厂强制无薪休假三个月，未支付任何工资或生活费，违反此规定。综上，工厂过年休假三个月若未符合法定带薪休假天数、未支付停工生活费，则不合法。
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工厂过年休假三个月的处理可能受以下特殊情况影响：
1. 工厂因疫情或经营困难停工停产：若工厂因新冠疫情或订单锐减等客观原因停工停产，向劳动部门备案后安排三个月休假，并按规定支付停工生活费（当地最低工资的70%-80%），则休假方案可能被认定为合法，因属于不可抗力或经营困难导致的合理安排。
2. 员工累计工作年限较长且未休年假：若员工累计工作20年以上，法定年假为15天，工厂将三个月休假中的15天计为带薪年假，剩余时间按停工停产支付生活费，则符合《职工带薪年休假条例》和《工资支付暂行规定》，休假方案合法。
3. 工厂与员工签订了弹性工作制协议：若员工与工厂签订的劳动合同中约定弹性工作制，且协议中明确过年可集中休假三个月并在其他时间补班，同时工资支付符合标准，则休假方案可能合法，但需确保补班时间不超过法定加班时长（每月不超过36小时）。

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